藏醫藥學是藏民族自己創造出來的生命科學和文明，歷經3800多年的發展，藏醫藥學已經成為具備完整理論體系的民族醫藥學精華。由于藏醫藥有別于中西醫藥學，并獨具特色，因此藏藥在使用時有講究。

一、按照《四部醫典》理論藏藥服用方法根據疾病一般可分為十種：

1、“培根病”和“合并病癥”類的藥物應在早晨空腹服用；

2、“隆” 病中“下泄隆”病的藥物應在正午飯前服用；

3、“米娘隆”病的藥物應在正午吃飯的中間服用；

4、“遍行隆”病的藥物應在正午或下午飯后服用；

5、“維命隆”病的藥物應在飯后服用；

6、“上行隆”病的藥物應在飯后食物消化后（一般在飯后兩小時后）服用或飯前藥物消化后再用食物；

7、上吐、下瀉、咳嗽和呼吸系統疾病的藥物依病情隨時按少量多次的方式服用；

8、食欲不振等部分病癥的藥物一般應與對該病有用的食物混合服用；

9、打嗝或身體顫抖等部分病癥的藥物應在上端和下端飯中間服用；

10、以上病癥的藥物一般應在晚睡前服用。

二、大部分藏成藥的劑型為丸劑，這一是為了長期保存和便于運輸。二是因為藏藥不允許象中藥或西藥那樣加入某些添加劑在服用時能在胃中盡快溶解的目的，而要求在加工配制時除了處方中規定的藥物原料成份外，不允許有任何化學及其他方面的污染，一般都是用水泛丸，所以藥丸一般較硬。因此服用時一定要把藥丸碾碎成細粉或或將藥丸用水泡開后再服用。

三、按照三大因素藏藥認為“隆”病多發生在凌晨和晚上，“赤巴”病多發生在正午和午夜。“培根”病多發生在早上和黃昏，所以治療“隆病”的藥一般需要在凌晨或晚上服用。治療“赤巴病”的藥需要在中午和午夜服用。治療“培根病“的藥需要在早上或黃昏服用。

四、珍寶類藏藥放在睡前11時和早晨5時服用是從消化吸收的生理原理而來，因為這一時間是人體消化吸收機能最旺的時期，在此時服藥更容易被消化和吸收，發揮其最佳的效能，所以一般把珍寶類藥物的用藥時間放在此時。

五、飯前或飯后服用的道理：一是為了避免食物對藥效的影響，因為有些食物和藥物在胃里可發生相互反應，輕者可降低藥效，重者可發生反作用。所以需要在飯前兩小時或飯后兩小時服藥。二是激活消化機能，達到藥物的促消化作用。由于藥物的成分不同，有些藥物是很難消化的，而飯后可激活胃的消化機能，所以一般把難消化的藥物放在飯后服用。三是根據藥物的性能而定，藥性猛而枯澀的藥物不僅對胃刺激大，而且身體比較虛弱的患者極易發生惡心、嘔吐等反應。所以，放在飯后服用不僅可以減少胃的刺激，而且可以避免惡心、嘔吐等反應的發生。

六、服用藏藥特別強調忌口的原因：在服用藏藥期間，一般要求禁用陳舊、酸腐、辣、生冷食物，防止受涼，甚至禁止房事，是因為藥與飲食（蔥、蒜、姜）等在某種情況下體內發生反映，降低藥物的有效成分，甚至產生毒副作用，忌口有利于讓藥物充分吸收。

七、獨特的組合用藥方法： 

藏醫藥學理論認為，人體是一個復雜的系統，發生各種疾病是因為這一系統在某一環節或多個環節失去了平衡，要想達到治療疾病的目的，就必先使其系統達到平衡狀態。藏醫臨床上的組合用藥則體現了藏醫的整體觀、辯證論治等思想。組合用藥即為多管齊下，合并使用多種藥物，以達到標本兼治更好的治療效果。藏醫認為某一疾病的發生并不是單一某一方面所引起的，一種病可能有多種表征，不同的病也可能有相通的表征，用藥時除了修復患病部位，還要對系統中相關聯的環節進行同步維護，否則容易造成顧此失彼，治標不治本的現象。就像藏醫在治療心腦血管疾病方面，黎明選用珊瑚味七十丸，晚上選用二十味沉香丸，中午選用十八味降香丸，下午選用常松八味沉香散，并根據患者病情和體質情況，選用調理胃腸或疏通經絡的藥品等。